宇宙纪元2000年,各星球派出代表成立了联合议会,叫做银河联邦,标志着一个繁荣的时代开始了。之后,各星球展开了文化和文明的交流,各星球之间也有了成千上万的飞船频繁往来。但是,偷袭飞船的宇宙海盗也出现了。
联邦总署创建了银河联邦警察局,但是海盗太强大了,很难在浩瀚太空中抓获他们。于是联邦总署和警察局召集勇士来对抗海盗。这些勇士被称为“太空猎人”。如果他们捉到海盗就会领到大量奖励,他们是专业的太空赏金猎人。
现在是太空历20X5年,可怕的事情发生了。海盗攻击了一艘深空研究飞船并且得到了一个胶囊,含有刚从SR388星球发现的不明生命体。这个生命体已经停止生长,但是如果在贝塔射线下照射24小时,就会恢复生长和繁殖。根据猜测,SR388星球的文明就是被某种不明身份的生物或人所摧毁的,而这种生命体很可能就是罪魁祸首。所以放任它的繁殖是很危险的。联邦研究员把它命名为“密特罗德(Metroid)”,在带回地球的路上被海盗抢走了!
如果宇宙海盗将密特罗德繁殖并当作武器,整个银河文明将被摧毁。经过不懈的努力搜寻,联邦警察终于找到了海盗的总部,要塞星球Zebes,并发起了总攻。但是海盗们的防守很强力,警察无法拿下这个星球。同时,在要塞深处的一个秘密房间里,繁殖密特罗德的计划正在稳步推进。
作为最后手段,联邦警察制定了战略:派遣一名太空猎人潜入要塞中枢去破坏母体。萨姆斯阿兰(Samus Aran)就是被这次任务选中的太空猎人。他是所有太空猎人中最强的,曾经很多次完成别人都认为绝不可能完成的任务。他是一个机械改造人:他的整个身体都用机械来增强,使他变得超强。他的防护服能够吸收敌人的能力,就连海盗都非常害怕。但是他真正的样子还是个谜。
Zebes星球是一个天然的要塞。它的外壁是很特殊的岩石,内部是错综复杂的迷宫。不仅如此,海盗们还在迷宫各处安置了装置和阴险的陷阱,海盗的支持者们也在各个角落里把守。萨姆斯现在已经成功潜入了Zebes。但是时间有限。他能够摧毁密特罗德,拯救银河吗?